Poročilo je napelo tudi odnose med Slovensko obveščevalno varnostno službo (Sova) in komisijo DZ za nadzor obveščevalnih in varnostnih služb (Knovs). Sova je namreč policiji in tožilstvu zaradi objave javnega dela poročila naznanila sum izdaje tajnih podatkov.
Pahor pa je zaradi zaostrenih razmer predlagal predsedniku vlade Marjanu Šarcu sklic seje sveta za nacionalno varnost, ker je menil, "da bi lahko v dialogu razčistili kakšno stvar, ki bi omogočila, da bi obveščevalna služba lahko delala svoje in bi se vršil nad njo demokratični nadzor brez teh napetosti". Šarec njegovemu "nasvetu", kot je to poimenoval Pahor, sicer ni sledil, Pahor pa to spoštuje.
V nocojšnjem pogovoru za oddajo Politično na Televiziji Slovenija (TVS) je komentiral tudi očitke, da se je s tem pozivom postavil na stran Knovsa. "Vedno bom zagovarjal demokratični nadzor nad obveščevalnimi službami, hkrati pa dobro razumem vlogo, ki jo ima Sova za zagotavljanje nacionalne varnosti in zaščito nacionalnih interesov," je poudaril in dodal, da je zanj zato pomembno, da obe opravljata svoje delo. Želi pa si, da bi se razmere uredile, saj "zdaj to ni najbolje".
Komentiral je tudi spore med sodniki na ustavnem sodišču, saj je bilo precej sodnikov imenovanih v času njegovega mandata. Predsednik je dejal, da si ne drzne posegati v njihovo avtonomijo. "V ustavnem sodišču so ugledni ljudje. (...) Če znajo rešiti najbolj usodna ustavnopravna vprašanja, bodo znali sami, brez naše pomoči, rešiti tudi nekatere spore," je prepričan.
Glede pogajanj o spremembah volilnega sistema, ki jih vodi, pa je dejal, da so prišli zelo daleč, a se pred zadnjim krogom odločil za kratek suspenz, ker je menil, da ne bo napredka. Je pa zato v pismu pozval tiste, ki zagovarjajo uvedbo prednostnega glasu, da preverijo, ali imajo v DZ 60 glasov.