Podbregar je obdolžen za zlorabo položaja v času, ko je vodil Sovo, med drugim je tedaj na varnostno-obveščevalni agenciji obstajal nezakoniti »črni« fond, iz katerega so pod vodstvom Podbregarja izvajali razna plačila. Vrhovno tožilstvo je že oktobra 2007 na okrožno sodišče v Ljubljani vložilo zahtevo za sodno preiskavo, sledilo je še več dopolnitev.
Preiskavo je vodila sodnica Marija Tupy oziroma jo je spravila v najgloblji predal. Šele ko smo pri Reporterju spomladi letos razkrili sodno blokado Tupyjeve, ki jo je sprva predsednik okrožnega sodišča v Ljubljani Anton Panjan celo zagovarjal, so se stvari premaknile. Škandala niti Panjan ni mogel več pomesti pod preprogo, saj je nadzor nad pravočasnostjo postopka v tej zadevi zahteval tudi minister za pravosodje Senko Pličanič. Na koncu so na sodišču le ugotovili, da Tupyjeva postopka ni vodila tekoče in ji je bila zadeva odvzeta, predsednik višjega sodišča v Ljubljani Jernej Potočar pa je odredil prednostno obravnavo.
Na naše sedanje poizvedovanje, v kateri fazi je postopek zoper Podbregarja, so s sodišča pojasnili, da je bila zadeva 10. oktobra po opravljeni sodni preiskavi poslana na ljubljansko okrožno državno tožilstvo, to pa še ni vložilo obtožnice. Na tožilstvu pravijo, da zadevo proučuje pristojni tožilec.
Kazenski pregon po požje: Iztok Podbregar še ni pred sodiščem
Sojenje Draganu Tošiću in drugim v zadevi Balkanski bojevnik je na prvi stopnji končano, nadaljevalo se bo na višjem sodišču v Ljubljani, medtem pa se sojenje Iztoku Podbregarju po več kot petih letih ni še niti začelo, čeprav gre za neprimerljivo enostavnejšo zadevo.