Allen je posredno vpleten v spolni škandal, zaradi katerega je pred slabima dvema tednoma odstopil direktor ameriške obveščevalne agencije Cia, general David Petraeus. Afera je izbruhnila zaradi ljubosumnosti Petraeusove biografinje in ljubice, 40-letne poročene Paule Broadwell, ki je sumila, da ji malce mlajša Jill Kelley s Floride skače v zelje.

Kelleyjevi je poslala anonimna grozilna elektronska sporočila, ta pa je o tem obvestila svojega oboževalca, sicer agenta zvezne policije FBI. Preiskava FBI je razkrila, da si je poročena Kelleyjeva "vroče" dopisovala s prav tako poročenim Allenom. Ta zato ni odstopil, so pa v Washingtonu zadržali potrditev njegovega imenovanja na visok položaj v Bruslju.

To imenovanje bo sedaj "na hladnem" do konca kazenske preiskave in notranje revizije v Pentagonu, ki jo je naročil obrambni minister ZDA Leon Panetta. Allenov predhodnik na položaju poveljnika sil Isaf v Afganistanu je bil sicer prav Petraeus.