"Kot so izpostavili številni glasovi v vaši državi, je več kot potrebno, da so politični voditelji pošteni, imajo integriteto in da so zavezani skupnemu dobremu," je papež dejal med govorom v predsedniški palači.
Filipinski škofje so sicer želeli letošnje leto razglasiti za "leto revnih", je Frančišek opozoril vladne funkcionarje.
Papež je ob tem izrazil upanje, da bodo vse ravni filipinske družbe zavrnile vse oblike korupcije, ki sredstva preusmerjajo od revnih.
"Reformiranje družbenih struktur, ki ohranjajo revščino in izključevanje revnih najprej zahteva spremembe v miselnosti in srcih," je poudaril Frančišek.
Poglavar rimskokatoliške cerkve je še pohvalil odpornost več milijonov Filipincev, ki jih je leta 2013 prizadel uničujoč tajfun Haiyan, ki je na vzhodu države ubil več tisoč ljudi, poroča nemška tiskovna agencija dpa.
"Občudujem junaško moč, vero in odpornost, ki so jih v luči naravne katastrofe izkazali številni Filipinci," je dejal papež.
V soboto naj bi poglavar rimskokatoliške cerkve obiskal vzhodno mesto Tacoban, ki ga je Haiyan še posebej močno prizadel.
Frančišek je danes skupaj s škofi in duhovniki v manilski katedrali daroval mašo. V pridigi je katoliške voditelje na Filipinih pozval, naj se uprejo silam, ki mladino zapeljujejo z "zavajajočimi" različicami spolnosti, porok in družine.
"Razglašajte lepoto in resnico krščanskega sporočila družbi, ki jo zapeljujejo zavajajoče predstave spolnosti, zakonskih zvez in družine," je dejal Frančišek.
Filipinska katoliška cerkev se sicer sooča s konservativno hierarhijo na eni strani in z milijoni vernikov, ki živijo bolj liberalno, na drugi strani. Na Filipinih so sicer ločitve prepovedane, prav tako splavi in istospolne poroke. A po drugi strani je Cerkev v tej državi izgubila boj glede kontracepcije, saj država lahko deli zastonj kondome in v šolah poučuje načrtovanje družine.
Prav tako v državi vsako leto izvedejo več sto tisoč nezakonitih splavov, razširjeno je tudi "življenje na koruzi".
Papež je petdnevni obisk Filipinov sicer začel v četrtek, ko so ga ob prihodu pričakale navdušene množice.