Minister je bil od leta 1997 do leta 2000 v obdobju intenzivnega približevanja Slovenije Evropski uniji in zvezi Nato. Lani je kot prvi prejel priznanje za življenjsko delo v diplomaciji.

Frlec je zunanje ministrstvo vodil od 25. septembra 1997, ko je nasledil Zorana Thalerja. Na čelu Mladike je ostal do 3. februarja 2000, ko je odstopil iz osebnih razlogov, pri čemer je izpostavil notranjepolitična nasprotja. Ministrstvo je vodil v obdobju intenzivnega približevanja Slovenije EU in zvezi Nato, takrat pa je Slovenija tudi prvič postala nestalna članica Varnostnega sveta Združenih narodov. V središču slovenske zunanje politike so bili tudi reševanje vprašanja slovensko-hrvaške meje, sporazum s Svetim sedežem ter kulturni sporazum z Avstrijo.

Diplomat je bil že v času nekdanje Jugoslavije in je bil leta 1989 imenovan za veleposlanika v Nemčiji. Po osamosvojitvi Slovenije je bil od leta 1992 tudi prvi slovenski veleposlanik v tej državi.

Po odstopu s položaja ministra je bil prvi slovenski veleposlanik na Nizozemskem. Ko je Slovenija leta 2005 predsedovala Organizaciji za varnost in sodelovanje v Evropi, pa je bil vodja projektne skupine za predsedovanje. Septembra leta 2006 se je upokojil, a ostal dejaven, med drugim je bil član strateškega sveta za zunanjo politiko.

Zunanja ministrica Tanja Fajon mu je ob dnevu slovenske diplomacij maja lani podelila prvo priznanje za življenjsko delo v diplomaciji za pomemben prispevek k razvoju slovenske diplomacije in krepitvi ugleda Slovenije na mednarodnem prizorišču. Frlec je ob prejemu priznanja izpostavil, da pripada tudi številnim sodelavcem, s katerimi je imel čast sodelovati.

Rodil se je 10. februarja 1936 v Ljubljani. Po srednji šoli je leta 1959 diplomiral na ljubljanski Fakulteti za naravoslovje in tehnologijo, leta 1965 pa postal doktor kemijskih znanosti. Med letoma 1959 in 1984 je bil zaposlen na Institutu Jožef Stefan (IJS), najprej kot raziskovalec, nato pa kot direktor od leta 1974. Kasneje je postal njegov častni član. Podiplomski študij je nadaljeval v ZDA in Združenem kraljestvu. Leta 1981 je postal redni profesor anorganske kemije na Fakulteti za naravoslovje in tehnologijo (danes FKKT) Univerze v Ljubljani.

Med letoma 1984 in 1989 je bil podpredsednik republiškega izvršnega sveta.

Z Instituta Jožef Stefan so danes sporočili, da so z globoko žalostjo in iskrenim spoštovanjem na institutu in v širši slovenski znanstveni skupnosti sprejeli vest o smrti Borisa Frleca, "enega najvidnejših predstavnikov slovenske znanosti in diplomacije druge polovice 20. stoletja". Izpostavili so, da je bil kemik svetovnega formata in dolgoletni direktor inštituta, veleposlanik in zunanji minister pa v ključnem obdobju osamosvajanja ter mednarodnega uveljavljanja Slovenije. "Pod njegovim vodstvom je IJS postal prostor, kjer so se rojevale generacije raziskovalcev, ki danes nosijo slovensko znanost v svet," so dodali in svojcem izrazili sožalje.