Seveda ne more nekdo brez izkušenj v bančništvu, celo brez ekonomske izobrazbe, zasesti takega položaja. Pred imenovanjem v KPK je bil Praprotnik novinar Dela in Dnevnika, kjer je večino svojega novinarskega opusa posvetil boju proti prvaku SDS Janezu Janši. Tako je leta 2004 v Delu zapisal: »Janša ima v svojem CV kar nekaj pack (denar od orožja, politično kadrovanje v vojski, nesodelovanje z novinarji, ki niso za zgled demokratu. /…/ Denar iz orožarskih poslov zato ostaja črn madež na njegovi politični podobi. Kje so milijoni mark.« V aferi Sova je branil užaljene agente, katerih sporne rabote je razkrinkala komisija Janševe vlade pod vodstvom Lovra Šturma. Komisija je odkrila obstoj črnega fonda denarja, iz katerega so se brez vednosti vlade in parlamenta napajali posamezniki, skrite prisluškovalne naprave in vozila, ponarejena dokazila o izobrazbi zaposlenih, tajno podjetje uslužbencev Sove ter celo nezakonito prisluškovanje slovenskim in tujim državljanom. Praprotnik pa je najbrž po prišepetavanju odstavljenega direktorja Sova Iztoka Podbregarja to označil kot najhujši politični vdor v Sovine baze. »Tajne službe morajo biti pod nadzorom vlade. Sporno je, da v našem primeru niso pod nadzorom vlade v normalnem pomenu besede, temveč jih obvladuje monolit vladajoče Slovenske demokratske stranke,« je leta 2006 zapisal v Dnevniku, kamor je presedlal od Dela.
Najhujši škandal je povzročil, ko je razkril tajno skupno lokacijo Sove in BND, po drugi strani pa je obsojal vlado, ko se je sama odločila razkriti podobno tajno lokacijo, ki jo je opustila. Leta 2007 je ekskluzivno poročal: »Po naših neuradnih informacijah naj bi se hrvaški premier Ivo Sanader in predsednik SDS Janez Janša leta 2004 v telefonskih pogovorih dogovarjala o organiziranju mejnih incidentov v Piranskem zalivu z namenom, da bi jih lahko Janševa stranka izkoriščala v predvolilnem boju.« Slovensko in hrvaško javnost je zavajal s fotografijami tajnih srečanj kurirjev iz Janševega in Sanaderjevega kroga, vendar je pozneje priznal, da nima nobenih fotografij in tajnih dokumentov. Pozneje se je ugotovilo, da dogovorov o incidentih ni bilo, Rop, ki je o tem obveščal novinarje, pa se je moral opravičiti Janši, zaradi izdaje zaupnih podatkov je bil obsojen na denarno kazen.
»Na Janeza Janšo se že vso politično kariero lepijo težke obtožbe: o trgovanju z orožjem, državnem udaru (Depala vas), bombaštvu (Ladislav Troha) in zdaj še o političnem prevzemanju medijev (Andrijana Starina Kosem), insceniranju mejnih incidentov (Anton Rop) ter organiziranju bombnih alarmov (Ludvik Čanžek),« je zapisal septembra 2007, ko je bil tudi med podpisniki peticije proti cenzuri Janševe vlade. Natanko leto pozneje je spremljal afero Patria in se oglašal neposredno iz Finske z novimi »sočnimi dokazi«. Vsekakor si je s tem pridobil ključne reference za položaj v KPK. Politično kadrovanje se je zagabilo celo tretjemu članu senata, ekonomistu Darku Končanu, ki je izjavil, da sta preostala člana komisije (Goran Klemenčič in Rok Praprotnik) v očeh javnosti zelo politično profilirana in ju širša javnost sprejema zelo bipolarno. Ker si ni želel očitkov o politični naklonjenosti eni politični opciji, se je funkciji raje odpovedal.