MSNZ je nastala kot odgovor na zahtevo JLA, naj ji Teritorialna obramba (TO) preda orožje. 15. maja 1990 je namreč JLA izdala pisni ukaz, naj TO orožje iz svojih skladišč preda v skladišča JLA. Posamezni odbori TO so ukazu sledili, tisti, ki so se zavedali, da slednje pomeni praktično razorožitev, pa so se mu uprli.
17. maja 1990 je Krkovič, ki je bil takrat načelnik oddelka za Ljudsko obrambo občine Kočevje, videl, kako so vojaki JLA iz kočevskega občinskega štaba TO odvažali orožje. Odpravil se je v Ljubljano, kjer je o dogajanju obvestil takratnega obrambnega ministra Janeza Janšo in notranjega ministra Igorja Bavčarja.
Po sestanku so stekle prve aktivnosti za organiziranje MSNZ, s katero je nameravala Slovenija za morebiten spopad z JLA usposobiti lastne oborožene sile. Oblikovanje slednjih je potekalo v tajnosti in brez prave formalne podlage. Slednjo je MSNZ dobila v začetku septembra 1990, ko je Bavčar izdal uradno odločbo za oblikovanje MSNZ.
Konec septembra 1990 je MSNZ dobila tudi zakonsko podlago, ko je takratna slovenska skupščina sprejela dopolnilo k ustavi, s katerim je Slovenija dobila popolno oblast nad vodenjem lastnih oboroženih sil. Oktobra 1990 je MSNZ tudi prešla pod okrilje slovenske TO, ki se je pozneje preimenovala v Slovensko vojsko.
Kot je ob 26. obletnici začetka nastajanja MSNZ zapisal Krkovič, je bila MSNZ struktura, ki nima primere v zgodovini: "Oblikovana je bila v posebnih razmerah najbolj občutljivega časa osamosvajanja. Končni rezultat je bila simbiozna organiziranost več deset tisoč oboroženih vojakov in policistov v enovito in učinkovito, nacionalnim interesom predano vojaško organizacijo. Poslanstvo te edinstvene organizacije je dobilo potrditev v praksi, ko je ta leto dni pozneje v osamosvojitveni vojni v popolnosti odigrala svojo vlogo."
26. obletnico začetka nastajanja MSNZ je v ponedeljek zvečer s slovesnostjo obeležilo Združenje za vrednote slovenske osamosvojitve. Na slovesnosti je spregovoril načelnik Generalštaba SV Andrej Osterman, ki je dejal, da je šlo pri MSNZ za uporništvo z razlogom.
17. maja svoj dan praznuje tudi Zveza veteranov vojne za Slovenijo. Svoj praznik je skupaj z Zvezo policijskih veteranskih društev Sever v nedeljo obeležila na Geometričnem središču Slovenije na Slivni pri Vačah.