Japonska je ena izmed najpomembnejših partneric Slovenije v Aziji. Dvostranski odnosi so prijateljski in brez odprtih vprašanj. Japonska postaja v zadnjih letih vse pomembnejša gospodarska partnerica Slovenije.

Slovenijo in Japonsko na področju multilateralnega sodelovanja povezujejo sorodni pogledi glede številnih vprašanj, še posebej glede vzdrževanja mednarodnega reda in miru, mirnega reševanja sporov, reforme Združenih narodov in Varnostnega sveta ZN, mednarodnega prava, človekove varnosti, pa tudi spoštovanja človekovih pravic, še dodajajo.

Predsednik Pahor je Japonsko kot prvi slovenski predsednik obiskal marca 2013, ko ga je tedanji cesar Akihito sprejel v cesarski palači v Tokiu. Avgusta je bil v Sloveniji na delovnem obisku takratni japonski zunanji minister Taro Kono, kar je bil prvi obisk japonskega zunanjega ministra v samostojni Sloveniji. Zunanje ministrstvo je sicer septembra prevzel Toshimitsu Motegi, Kono pa je prevzel obrambno ministrstvo.

Leta 1976 sta tedanjo socialistično republiko Slovenijo obiskala tudi tedanji cesar Akihito in cesarica Michiko. Samostojno Slovenijo je nato leta 2000 obiskala tudi japonska princesa Sajako, leta 2013 pa je predsednik Pahor sprejel princa Akishina s soprogo Kiko.