Ko se je Tonin obregnil ob interpretacijo ankete na 24ur.com, kjer so za NSI z 3,9 odstotka napovedali izpad iz parlamenta, niso pa upoštevali skoraj tretjine neopredeljenih, je svoj lonček pristavil Janša: »Ali ni žalostno, da se NSI, ki je pod vodstvom dr. Andreja Bajuka ter Lojzeta Peterleta (v koaliciji s stranko SDS) dva meseca po ustanovitvi že dosegla skoraj 10 odstotkov danes prepira z javnomnenjskimi raziskavami o prestopu praga državnega zbora?«
Tonin pa mu je odvrnil: »Ali ni žalostno, da to piše nekdo, ki leta 2008 ni zmogel toliko kolegialnosti, da bi na zadnjem soočenju RTV med člane morebitne nove vlade vključil tudi dr. Andreja Bajuka. Gospod Bajuk bi si to zaslužil, že za voljo vsega, kar je naredil zate, Janez. Res žalostno, da je NSI samo v štirih letih tvoje vlade izpadla iz parlamenta. Res bi bil čas, da se pogledaš v ogledalo in oceniš, kaj je narobe, da je politična smrtnost v tvojih vladah tako visoka.«
Pripel je del posnetka s predvolilnega soočenja, v katerem je Janša kot svojega ministrskega kandidata za finance omenil Petra Groznika, ne pa Andreja Bajuka.
Pozneje je na volitvah 2008 NSI izpadla iz parlamenta, Bajuk pa je odstopil z vrha stranke in se umaknil v pokoj. Umrl je avgusta 2011. Ko smo se nekaj mesecev pred njegovo smrtjo pogovarjali z njim, nam je omenil, da ga Janša že več kot leto dni ni poklical.
Bajuk je bil kot finančni minister v prvi Janševi vladi najbolj zaslužen za vstop Slovenije v evro območje. Leta 2005 ga je britanska strokovna revija The Banker razglasila za finančnega ministra v EU, leto pozneje pa ga je tednik European Voice v kategoriji dosežek leta razglasil še za Evropejca leta 2006.
Kljub temu pa naj bi bil Janša z njim nezadovoljen kot ministrom. »Njega je hotel Janša zamenjat po enem letu ministrovanja. Potem je dobil evropsko priznanje za najboljšega ministra, nato pa se ga Janša ni upal zamenjati. To mi je Bajuk sam povedal,« je dejal nekdanji poslanec NSI Ivan Mamić v intervjuju za televizijo ETV leta 2017.
»Vseskozi sta se kregala,« je nadaljeval Mamić. Po volitvah se je Bajuk umaknil in kmalu za tem umrl: »K temu je pripomogel tudi nož od svojih ljudi. Nikoli ne bi pomislil, da bi se lahko zgodilo kaj takega. Ta znotraj strankarska trenja. To mi je vse pravil. Bila sva velika prijatelja.«
