Sojenje Šrotu in družbi Atka Prima se je pred novogoriškim okrožnim sodiščem začela leta 2012, tožbo zoper njiju je Fructal vložil leto prej. Gre za odškodninski zahtevek zaradi dajanja domnevno škodljivih navodil s strani Šrota, na podlagi katerih so bili sklenjeni domnevno škodljivi posli posojilne pogodbe Fructala z družbami Center Naložbe in Infond Holding v letih 2008 in 2009.
Ajdovska družba je od Šrota in njegovega podjetja terjala slabih 11 milijonov evrov, kolikor naj bi znašala škoda zaradi dajanja posojil.
V odvetniški pisarni Čeferin, ki zastopa Boška Šrota in družbo Atka Prima, in v odvetniški pisarni Tratnik, Sočan in Bogataj, ki zastopa družbo Fructal, so sodbo po poročanju Primorskih novic prejeli v sredo in je še niso podrobneje preučili, sta pa zagovornika obeh strani potrdila, da je sodišče ugodilo zahtevku Fructala.
Šrotov odvetnik Uroš Pogačnik je za časnik napovedal, da se bodo na sodbo pritožili. Šrot je sredi lanskega decembra, ko je ponovno pričal pred že tretjo sodnico v postopku, zatrdil, da s posojili Fructala ni bil natančno seznanjen, saj so zadeve vodili zadolženi za finančne posle.
Zaradi oškodovanja Pivovarne Laško sicer Šrot še vedno prestaja devetletno zaporno kazen na polodprtem oddelku zapora na Dobu, saj je bila pivovarna s prodajo delnic Istrabenza oškodovana za 22 milijonov evrov. Na podlagi posebne revizije poslov Pivovarne Laško iz leta 2010 so odškodninske tožbe proti Šrotu in podjetju Atka Prima vložile tudi hčerinske družbe Pivovarna Union, Delo in Radenska, in vse so bile uspešno rešene v njihovo korist.