"Na odločitev so vplivale narava dejanja in posledice," je sporočil Holder. Proti Carnajevu je vložena obtožnica v 30 točkah, od katerih polovica sama po sebi omogoča smrtno kazen. Obtoženec se je izrekel za nedolžnega.
Tožilstvo trdi, da sta brata Carnajev nastavila bombi, kasneje med begom pa ubila še policista visoke šole MIT. Med obstreljevanjem s policijo je bil 26-letni Tamerlan Carnajev ubit, Džohar pa se je ranjen skril v čoln na dvorišču hiše v predmestju Bostona, kjer so ga ujeli.
Njegova odvetniška ekipa je pridobila slavno Judy Clarke iz San Diega, ki slovi po tem, da zna storilcem izposlovati dosmrtni zapor namesto smrtne kazni. Doslej ji je to uspelo v primeru Erica Roberta Rudolpha, ki je nastavil bombo leta 1996 v olimpijskem parku v Atlanti in napadal klinike za splave. Pred smrtno kaznijo je rešila tudi znanega pošiljatelja pisemskih bomb Teda Kaczynskega.
Tožilka Carmen Ortiz je sicer v obtožnici med drugim navedla, da Džohar Carnajev ne kaže nobenega obžalovanja za svoja dejanja, smrtno kazen pa so med drugim predlagali zaradi smrti policista in 8-letnega fanta po dejanju, ki je bilo skrbno načrtovano in premišljeno. Brata Carnajev sta izbrala odmeven dogodek, za katerega sta vedela, da se ga bo udeležilo veliko ljudi z namenom, da povzročita čim več žrtev.
Njuno dejanje je za ameriške tožilce še posebej obsojanja vredno, ker sta v ZDA dobila zatočišče in državljanstvo ter uživala v svobodi. Carnajevi, po rodu Čečeni, so prišli v ZDA iz Rusije. Mati obtoženega Zubejdat Carnajev je za ameriško televizijo ABC povedala, da bo vedno ponosna na sina in ga bo vedno imela rada.
Dokazni material, ki ga je zbralo tožilstvo, govori o tem, da sta brata Carnajev bombni napad izvedla v odgovor na ravnanje ameriških oblasti oziroma vojske z muslimani po svetu. Obramba, ki odvetnikom ostaja na voljo, naj bi bila predvsem ta, da je bil mlajši Džohar pod vplivom starejšega in karizmatičnega brata Tamerlana.
Zvezna država Massachusetts ne pozna smrtne kazni vse od leta 1984. Nedavna anketa časopisa Boston Globe je ugotovila, da 57 odstotkov prebivalcev države nasprotuje smrtni kazni za Carnajeva, podpira pa jo le 33 odstotkov. Iskanje porotnikov, ki podpirajo smrtno kazen, bo morda trajalo malce dlje. Član porote je v tem primeru lahko le nekdo, ki ni načelno proti smrtni kazni.
Carnajev bo obtožen v skladu z zveznim zakonom o smrtni kazni, ki so jo na zvezni ravni v ZDA po kratki prekinitvi znova uvedli leta 1988. Doslej so jih izrekli okrog 70, dejansko pa so usmrtili le tri zločince. Nazadnje leta 2003 vojaškega veterana Luisa Jonesa, ki je ugrabil 19-letno vojakinjo Tracie McBride, jo posilil in pretepel do smrti. Leta 2001 so usmrtili tudi domačega terorista Timothyja McVeigha, ki je leta 1995 napadel zvezno zgradbo v Oklahoma Cityju in pobil 168 ljudi od tega 19 otrok.