Višji analitik za Evroazijo v Stratforju Marko Papic se je v elektronskem sporočilu 17. septembra 2009 svoji centrali v ZDA skliceval ne neimenovani vir, ki je trdil, da je Sanader odstopil zaradi organiziranega kriminala. Domnevni vir naj bi bil švedski poslanec ali poslanka, ki je tesno povezan s švedskim zunanjim ministrom Carlom Bildtom ter ima dobre povezave na Balkanu.
"V bistvu je (Sanader) imel nekakšne posle s pristaniščem Ploče, kjer naj bi Hrvaška gradila terminal LNG. Povezal se je z organiziranim kriminalom, kjer pa so mu povedali, naj se odloči, ali se bo umaknil iz politike ali bodo začeli ubijati člane njegove družine. Sledil je njihovim ukazom," je zapisal Papic. Dodal je, da "na Hrvaškem absolutno prevladuje organizirani kriminal, ki je tudi posledica državljanske vojne" na ozemlju nekdanje Jugoslavije.
"Tudi v Srbiji obstaja organiziran kriminal, ki pa ni tako močan, kot je na Hrvaškem, ker je umor (bivšega premiera Zorana) Đinđića spodbudil državo, da umakne večino elementov resnično močnega organiziranega kriminala," je še ocenil Papic, ki se v medijih pogosto pojavlja kot geostrateški analitik. Svoje poročilo je označil kot zaupno, ki ni primerno za objavo. Papic še trdi, da je Bildt močno podpiral Hrvaško, ki ji sicer ni bil naklonjen, pri vstopu v Evropsko unijo, in to zato, da bi imel novega zaveznika proti nemško-francoski navezi, ki vodi EU.
"Gre za zanimivo blago ... del glede Sanaderja je norišnica, čeprav pričakovana," je Papicu odgovoril naslovnik pošte Eugen Chausovsky 2. oktobra 2009.
Omenjeno poročilo z naslovom "Organiziran kriminal" je v sredo objavil WikiLeaks v okviru objave pet milijonov primerkov zaupne elektronske pošte Stratforja. Zaupne podatke so pred dvema mesecema uspeli pridobiti računalniški hekerji združbe Anonymous, ki je nato ves material predala WikiLeaksu, so poročale tuje tiskovne agencije.
Sanader ni nikoli povsem pojasnil glavnega razloga za svoj odstop s položaja premiera, dejal je le, da je "želel šokirati Hrvaško in Evropo". "Nisem želel sodelovati v politikantskih igrah dela evropskih politikov, ki si niso, kljub temu da vedo, kako pomembno je, da Hrvaška vstopi v EU, dovolj prizadevali, da bi prekinili izsiljevanje Slovenije, ki je brez primere. Ravno zaradi vsega sem prepričan, da bo moja odločitev streznila evropske politike in jih prisilila, da se soočijo s posledicami svojega nenačelnega in neevropskega obnašanja," je nekaj dni po odstopu izjavil Sanader.
Tudi po tem so se vrstila različna medijska ugibanja o resničnih razlogih njegovega odstopa, med katerimi je bilo tudi tisto o "izsiljevanju nekaterih mafijskih krogov". Mediji so poročali tudi, da je "pobegnil" zaradi strahu pred krizo, ker se je zavedal, da bo hrvaško gospodarstvo kmalu potonilo. Pojavila pa so se tudi ugibanja, da se je umaknil zaradi domnevnega pritiska mednarodne skupnosti, predvsem EU. Medtem so proti njemu sprožili številne preiskave in vložili več obtožnic zaradi suma korupcije.
Med premorom današnjega sojenja v primeru Hypo Alpe Adria banke in madžarske energetske družbe Mol, je Sanader zavrnil trditve WikiLeaksa. "To so pravljice," je izjavil novinarjem. Spomnil je, da so se pred časom pojavile podobne medijske trditve, da je odstopil zaradi pritiska nemške kanclerke Angele Merkel. "Takšne zadeve ne obstajajo v mednarodni politiki," je še dejal Sanader.
Na vprašanje, zakaj pa je odstopil, je Sanader dejal, da zaradi slovenske blokade hrvaških pogajanj z EU. "Takrat tega nisem želel izpostavljati kot razlog, da ne bi škodoval pogajalski poziciji Hrvaške. To je edini in pravi razlog mojega odstopa," je dodal.