Nemško tožilstvo je Perkovića bremenilo, da je načrtoval in organiziral umor Đurekovića, Mustača pa, da je kot takrat nadrejeni Perkoviću naložil, naj načrtuje in organizira umor, ki se je zgodil v bavarskem mestu Wolfratshausen nedaleč od Münchna leta 1983.
Tožilstvo je za dvojico zahtevalo dosmrtno zaporno kazen, obramba pa je zahtevala njuno oprostitev. Perković in Mustač sta bila po osamosvojitvi Hrvaške tudi visoka uradnika hrvaških obveščevalnih služb.
V obrazložitvi je sodišče pojasnilo, da sta imela oba pomembno vlogo v hrvaški SDV, ki je sprožila in izvedla umor Đurekovića.
"Sodba temelji na dejstvu, da je bil Zdravko Mustač v tem času, torej leta 1983, vodja hrvaške podružnice SDV, medtem ko pa je Josip Perković takrat opravljal funkcijo načelnika oddelka SDV, pristojnega za emigracijo, in je bil glavni obveščevalec Krunoslava Pratesa," je povedal predsednik sodnega senata Manfred Dauster.
Nekdanji sodelavec SDV Prates je bil sicer zaradi sodelovanja pri umoru Đurekovića leta 2008 na münchenskem sodišču že obsojen na dosmrtno ječo in naj bi tesno sodeloval s Perkovićem pri umoru Đurekovića.
Dauster je še pojasnil, da je "Zdravko Mustač konec leta 1982 ali na začetku 1983 pooblastil Perkovića, da začne s pripravami na umor Stjepana Đurekovića".
Zavrnil je tudi trditve obrambe, da je bila za likvidacijo Đurekovića zadolžena zvezna raven SDV (sicer znana tudi kot Udba), prav tako pa to, da je bila zanj odgovorna kontraobveščevalna služba JLA.
"Prepričani smo, da v kontraobveščevalni službi (KOS) niso imeli motiva za likvidacijo Đurekovića. KOS po našem prepričanju ni bil vpleten v niti en uboj v emigraciji," je še povedal münchenski sodnik.
"Motiv za likvidacijo Đurekovića je povezan z njegovim sovražnim delovanjem in vpletenostjo v goljufije v energetski družbi Ina. Sklepali so, da bodo z umikom Đurekovića umaknili tudi težavo z Ino, ki je zaradi preiskav o poneverbah v višini nekaj milijonov dolarjev postala veliko breme za republiško vodstvo," je še dejal Dauster.
Glavni motiv za uboj Đurekovića pa je bila eliminacija političnega nasprotnika režima, je sodbo obrazložilo sodišče. "Đurekovića je bilo treba utišati, tako fizično kot politično. In s tem to razlagamo kot uboj iz nizkotnih vzgibov. Takšne označitve ne bi bilo, če bi šlo za uboj terorista," je po poročanju hrvaške tiskovne agencije Hina navedlo sodišče.
Sodnik Dauster pa je še povedal, da so hrvaške oblasti dobro sodelovale z nemškim pravosodjem in so mu predale vso dokumentacijo, ki so jo potrebovali.
Pohvalil je tudi sodelovanje slovenskih oblasti v tem primeru, kritiziral pa slabo sodelovanje srbskih in črnogorskih ter popolno odsotnost vsakršnega sodelovanja z oblastmi BiH. "V tej državi nam zaradi njenega specifičnega ustroja nihče ni znal povedati, na koga naj se obrnemo," je dejal.
Izrazil je tudi upanje, da bo današnja sodba sprožila proces soočanja s preteklostjo na Hrvaškem in v drugih državah, nastalih po razpadu Jugoslavije. "Do tega procesa pred tem sodiščem je prišlo samo zato, ker se to prej ni zgodilo na Hrvaškem. Mi se sicer ne sprašujemo, zakaj je bilo temu tako," je dodal Dauster.
Je pa še povedal, da o tem, v kolikšni meri je to obdobje na območju nekdanje Jugoslavije neraziskano, govori dejstvo, da so morali na münchenskem sodišču za izvedenca poklicati danskega in nemškega zgodovinarja.
Perkovićev odvetnik Anto Nobilo je sicer zahteval oprostitev, ker da ni bilo enega samega dokaza proti Perkoviću. Povedal je, da je Nemčija obrambi zavrnila vpogled v arhiv, ker je da je bil Đureković sodelavec nemške varnostne službe (BND).
Med drugim je dejal, da so jugoslovanske varnostne sile v 70. in 80. let prejšnjega stoletja sprožile preventivne napade na emigrante, ki so načrtovali in izvajali teroristične napade na takratno Jugoslavijo, kar je primerjal s sodobnimi ameriškimi protiterorističnimi akcijami.
Perkovićevi odvetniki so med sojenjem tudi večkrat poudarili, da izjave nekaterih prič kažejo, da za umorom Đurekovića stoji nekdanji jugoslovanski notranji minister Stane Dolanc, ki je umrl leta 1999.
Sicer pa je sodba znova odprla razpravo o potezah bivšega hrvaškega premierja Zorana Milanovića, ki je nasprotoval izročitvi Perkovića in Mustača tudi z zakonom, ki je bolj znan kot "lex Perković". Na koncu je Hrvaška pod diplomatskim pritiskom Nemčije razveljavila sporni zakon.