Nasprotovanja džamiji so bila izražena od samega začetka. Gradnja se je zamaknila tudi zaradi nasprotovanj gradnji v ljubljanskem mestnem svetu, pa kasneje zaradi iskanja primernega zemljišča. A največjo težavo je predstavljal denar. Ni bilo namreč pričakovati, da bo džamija v Ljubljani po velikosti primerljiva s kakšnimi manjšimi džamijami, ki jih vidimo ko potujemo po denimo Bosni, Makedoniji, tudi Albaniji. Ne, načrti so bili od začetka velikopotezni in za tak projekt je potreben denar.
Katarski milijoni
Ko je islamska skupnost dobila projekt in kupila zemljišče, je bilo treba najti še denar. Projekt je bil na začetku ocenjen na 22 milijonov evrov in kar 15 milijonov je prispeval Katar, majhna država iz arabskega polotoka in Perzijskega zaliva. Nič nenavadnega ni, da muslimanske države pomagajo islamskim skupnostim po svetu s financiranjem projektov.
So pa imeli mnogi pomisleke glede Katarcev vpletenih v gradnjo slovenskega islamskega centra. Katar je namreč država, ki je konstantno na lestvicah držav, ki kršijo človekove pravice. Prav tako naj bi ta absolutistična monarhija, kjer so vse politične stranke prepovedane, financirala teroristične organizacije med drugim tudi Al Kajdo.
Naša islamska skupnost je katarske milijone z veseljem sprejela in to ne malo. Ko se je izkazalo, da naložba z 22 milijoni ne bo pokrita, so se še enkrat obrnili na Katar, ki je še enkrat razvezal mošnjiček in priložil še dobrih 10 milijonov evrov. Končna vrednost islamskega centra se je povzpela na 35 milijonov.
Nasprotniki in podporniki
Nasprotnikov džamije je bilo skozi leta veliko, nekateri varnostni strokovnjaki so bili denimo zaskrbljeni zaradi katarskega denarja in dejstva, da Katar prakticira vahabizem, skrajno obliko Islama. A odločilno je bilo, da je imel projekt vseskozi podporo ljubljanskega župana Zorana Jankovića in njegovih svetnikov. V Jankovićevi svetniški skupini sedi celo Nevzet Porić, glavni tajnik islamske skupnosti v Sloveniji. Veliko podporo islamskemu centru pa so vseskozi izražali tudi ameriški veleposlaniki, ki so si večkrat ogledali samo gradnjo.
