Po odstopu je večkrat v intervjujih minimiziral svojo vlogo pri »zadevi NPU«. Tako je na vprašanje, koliko je vedel o že v času sklenitve posla očitnih povezavah ministrice z najemodajalcem (Igorjem Pogačarjem, op. a.), dejal, da se z logistiko in materialnimi sredstvi ni ukvarjal. »Ko mi je takrat generalni sekretar povedal, da je pogodba za najem prostorov sklenjena in kakšna je najemna cena, sem mu čestital za dobro opravljeno delo. Ko pogledam nazaj, mogoče malce naivno.
Dolgo sem verjel, da postopki tečejo tako, kot morajo. O nekaterih stvareh sem prvič slišal, ko sem takoj po svojem odstopu govoril s kriminalisti, ki vodijo predkazenski postopek v tej zadevi. /…/ Ministrico sem, ko sem bil državni sekretar, vprašal o teh povezavah. Dejala je, da jih ni.«
S sklepom vlade so bile njegove naloge jasno določene. Bil je, kot rečeno, revizor medresorske delovne skupine in vodja projektnega sveta. Je Klemenčič pri tej svoji nalogi opustil dolžno ravnanje, »ker je verjel, da postopki tečejo tako, kot morajo«?