Ministrstvo je po poročanju časopisa pritožnikom ugodilo zato, ker si je investitor privoščil vrsto nepravilnosti, kot so nepopolno ugotovljeno stanje, kršitve materialnih predpisov in kršitve pravil postopka. Med najpomembnejšimi je dejstvo, da naj bi gradnjo med drugim izvajali na parceli 310 k. o. Ljubljana mesto, za kar pa bi morali predložiti soglasje Nadškofije Ljubljana kot lastnice zemljišča, na katerem stoji tudi semeniška knjižnica.

Da bi Mestni občini Ljubljana (MOL) od nadškofije uspelo pridobiti dovoljenje za gradnjo, je po navedbah časopisa težko verjeti, saj na nadškofiji opozarjajo, da sta tako stolnica kot semeniška knjižnica kulturna spomenika - stolnica celo spomenik državnega pomena. Pri tem se v nadškofiji bojijo predvsem poškodb, saj bi bila objekta od gradbene jame oddaljena le 12 metrov. Na možnost poškodb kaže tudi poročilo Zavoda za raziskavo materialov in konstrukcij.

Negativni vpliv gradnje garaže pod tržnico na sosednje objekte skrbi tudi deveterico pritožnikov s Študentovske ulice. Ministrstvo jim je dalo prav in poudarilo, da je treba že pred začetkom del izvesti ogled vplivnega območja gradnje in evidentirati stanje sosednjih objektov, na najbolj izpostavljenih pa opraviti t. i. nulto meritev, da bi jo lahko potem primerjali z rezultati med gradnjo in po njej, poroča časopis.

MOL ima sicer kot investitorka in predlagateljica projekta za izdajo gradbenega dovoljenja možnost, da zoper sklep ministrstva vloži tožbo na upravno sodišče. Odločba ministrstva tudi nima vpliva na izvajanje arheoloških del na Vodnikovem trgu.

Celoten projekt MOL predvideva izgradnje podzemne garaže pod tržnico, ureditev Vodnikovega trga nad njo in dograditev Mahrove hiše. Projekt pa se lahko razširi z gradnjo garaže pod Krekovim trgom in ureditvijo trga. Projektu najbolj nasprotujejo v Civilni iniciativi Tržnice ne damo.