Cesar je rekorder po številu nastopov v reprezentančnem dresu (101), vrhunec njegove kariere pa je bil nastop na svetovnem prvenstvu 2010 v Južni Afriki, kjer je Slovenija za las zgrešila preboj v izločilne boje.
"Lahko trdim, da sta zmaga v dodatnih kvalifikacijah nad Rusijo in nastop na svetovnem prvenstvu krona moje igralske kariere. Z nastopom v Južni Afriki so se mi izpolnile otroške sanje, tekme proti Alžiriji, Angliji in ZDA pa so nekaj, kar mi bo ostalo za vedno. Od izločilnih bojev in še enega zgodovinskega uspeha nas je ločilo le nekaj minut, takrat nam je bilo hudo, ampak dosegli smo nekaj izjemnega, nekaj, na kar smo lahko še danes ponosni," je pojasnil Cesar.
Cesar čuti, da bi še lahko igral kakšno sezono: "Verjetno bi lahko še kakšno leto vztrajal, vendar mi je pogodba s Chievom potekla in prišel sem do nekega trenutka, ko je bilo smiselno končati to poglavje v življenju. Seveda bom nogomet pogrešal, ampak v prihodnosti imam še toliko načrtov in toliko izzivov, da mi zagotovo ne bo dolgčas."
Z reprezentanco je bil tudi blizu uvrstitvi na evropsko prvenstvo leta 2016, a je Slovenija, Cesar jo je vodil kot kapetan, morala priznati premoč Ukrajini v dodatnih kvalifikacijah. "Eno mojih največjih razočaranj v karieri je tekma s Švico v Baslu, kjer smo vodili z 0:2, potem pa po poškodbi Novakovića nerazumljivo padli in tekmo izgubili s 3:2. Takrat smo zapravili neposredno uvrstitev na evropsko prvenstvo 2016 in tudi v dodatnih kvalifikacijah z Ukrajino tega nismo zmogli nadoknaditi. Tisto je bila napeta tekma, turški sodnik Cakir pa mi je že v prvi minuti nakazal, kakšno igro bo dopuščal, ko mi je po prvem prekršku na tekmi pokazal rumeni karton," navaja Cesar.
Klubsko kariero je Cesar začel v Ljubljani pri mladih selekcijah Olimpije, kmalu pa se je preselil v zagrebški Dinamo, pri katerem je preživel skoraj sedem let. Nato je sledil prvi prestop v eno od velikih evropskih lig Za štiri leta se je najprej preselil v Marseille, eno izmed teh štirih let pa je preživel na posoji pri West Bromwich Albionu. Pozneje ga je pot peljala še v francoski Grenoble, nato pa v Italijo, kjer je leta 2010 postal član Chieva, tam pa je ostal vseh deset let svojega igranja v Italiji.
Cesar je v reprezentanci poleg stoenega nastopa zbral tudi 10 zadetkov, kar je veliko za centralnega branilca.