Mrkšića je Mednarodno sodišče za vojne zločine na območju nekdanje Jugoslavije v Haagu leta 2007 obsodilo na 20 let zapora. Takšna kazen ga je doletela zato, ker je podpiral in sodeloval pri mučenjih in umorih vsaj 194 hrvaških vojnih ujetnikov, zajetih v bolnišnici v Vukovarju novembra 1991. Čeprav ni sam ukazal poboja, je bil v skladu z razsodbo zanj odgovoren, saj je dovolil, da se zgodi.
Po treh točkah obtožnice je bil obsojen zaradi vojnih zločinov, medtem ko ga je sodišče v petih točkah obtožnice, ki so se nanašale na zločine proti človečnosti, oprostilo, saj ubiti niso bili civilisti, ampak vojni ujetniki.
Kljub temu da je vedel, da predstavljajo teritorialna obramba in paravojaške milice grožnjo ujetnikom na območju farme Ovčare, je umaknil vojaško policijo, ki jih je varovala. S tem je po oceni sodišča pomagal in celo spodbudil pripadnike teritorialne obrambe in paravojaških formacij k zločinom.
V haaškem priporu je bil od 15. maja 2003, kar pomeni, da bi se mu kazen iztekla leta 2023.
Mrkšić je bolehal za rakom na pljučih in šele pred nekaj dnevi je Srbija na podlagi zahteve Mrkšićeve hčere uradno zaprosila haaško sodišče za njegovo začasno izpustitev, in sicer za namene zdravljenja. A Mrkšić ni niti dočakal, da bi zahtevek obra