Ponomarjov, ena od redkih ruskih javnih osebnosti, kritičnih do ruskega predsednika Vladimirja Putina, od leta 2014 živi v ZDA. V Rusiji je obtožen sodelovanja pri utaji 750.000 dolarjev (665.000 evrov) za sklad Skolkovo, visokotehnološki projekt, ki naj bi bil ruski odgovor na ameriško Silicijevo dolino.
Rusko sodišče je zaradi tega lani odredilo njegovo aretacijo, potem ko so mu odvzeli poslansko imuniteto.
Ponomarjov krivdo zavrača, opozicija, ki ga podpira, pa trdi, da gre za politično motivirane obtožbe.