Prve ideje o skrajšanju poti med zahodnimi obalami Amerik in Evropo so se porodile že Špancem v 16. stoletju, konkretnejšo obliko pa so začele dobivati v dvajsetih letih 19. stoletja. Čast umestitve prekopa v njihovo državo so Panami leta 1879 podelili delegati 22 držav na mednarodnem kongresu v Parizu.
Izziv izgradnje še danes najpomembnejše umetne vodne poti na svetu je pripadel Francozom pod vodstvom Ferdinanda de Lessepsa, ki se je pred tem proslavil z izgradnjo Sueškega prekopa.
Francozi so dela začeli leta 1881, a niso bili pripravljeni na tako brezobziren spopad z naravo - na težke delovne razmere, na poplave, blatne plazove, tropsko vročino in z njo povezane bolezni, kot sta malarija in rumena mrzlica. Potem ko so izkopali okoli 60 milijonov kubičnih metrov kamenja in zemlje, izgubili 22.000 od 45.000 delavcev, zabeležili številne napake v načrtih, korupcijske škandale in se zakopali v visoke dolgove, so obupali in projekt opustili.
Gradnjo so šele leta 1904, potem ko se je Panama osvobodila izpod Kolumbije, nadaljevale ZDA pod vodstvom Johna Findleya Wallacea. Američani so sprejeli številne ukrepe za zajezitev bolezni, a je med gradnjo do leta 1914 tudi pod njihovo zastavico umrlo okoli 5600 ljudi. ZDA so sicer v Panamo pripeljale kar 150.000 delavcev.
V času suhega izkopavanja, to je od leta 1907 do leta 1913, je bilo izkopanih 153 milijonov kubičnih metrov kamenja in zemlje. S stroji, ki so jih uporabljali, so lahko v osmih urah odstranili prek 8000 ton materiala.
Več kot polovica odstranjenega materiala je bil trden kamen, pri prebijanju skozenj pa je bilo vsak dan miniranih prek 600 lukenj. Med letoma 1905 in 1912 je bilo uporabljenih skoraj 23.000 ton dinamita. Ogromno je bilo tudi vrtanja; z njim bi se lahko prevrtalo luknjo skozi naš planet in 900 kilometrov onstran.
Panamski prekop je bil odprt 15. avgusta 1914, Panama pa je nadzor nad njim od ZDA prevzela šele 31. decembra 1999.
Z 80-kilometrskim kanalom skozi Panamsko ožino se je samo pot med New Yorkom in San Franciscom skrajšala za okoli 13.000 kilometrov. Danes to pot uporablja več kot 80 držav, na njej pa se stika 144 mednarodnih pomorskih poti. Kar 66 odstotkov ladij sicer prek njega prihaja ali odhaja v ZDA. Glavni uporabnici prekopa poleg ZDA pa sta Kitajska in Japonska.
Prekop sestavljata dva sklopa zapornic na tihooceanski in eden na atlantski strani. Med njima leži Gatunsko jezero s številnimi otoki. Njegova gladina je 26 metrov nad morjem, napaja pa ga v ta namen zajezena reka Chagres. Iz jezera ladje plujejo skozi prvi tihooceanski sklop pri Pedro Miguelu, nato pa še skozi drugega pri Mirafloresu. Vse zapornice so podvojene, da lahko ladje plujejo v obe smeri. Skozi prekop jih vlečejo z majhnimi lokomotivami.
Globina ugreza ladje je omejena na 12 metrov, širina na 32 metrov, dolžina pa na 294 metrov. Vsaka zapornica je dolga 304 metre, obdajajo jo betonske stene debeline 15 metrov pri temeljih in tri metre na vrhu. Jeklena vrata zapornic so debela dva metra, široka 19,5 metra ter visoka 20 metrov.
Ladje za pot skozi prekop v povprečju potrebujejo od osem do 10 ur, s čakanjem vred pa 26 ur. Prvo leto jih je skozenj plulo 1000, zdaj pa jih v povprečju okoli 14.000 na leto.
Leta 1934 so maksimalno zmogljivost kanala ocenili na 80 milijonov ton letno, zdaj pa gre skozenj v povprečju 280 milijonov ton blaga letno.
Skoraj polovica ladij dosega maksimalno širino, pri kateri še lahko plujejo skozi zapornice, 10 odstotkov pa maksimalno dolžino.
Prav zato so se kmalu, že v tridesetih letih prejšnjega stoletja, začele širiti ideje o širitvi prekopa. Dela so se na koncu začela 2007 in bi morala biti po prvotnih načrtih končana prav na današnjo obletnico odprtja, a so v resnici na polovici. Zaključena naj bi bila 1. januarja 2016.
Razširjen prekop bo omogočil promet tudi večjim ladjam, zmogljivost prevoza zabojnikov pa bo okrepil za 2,5-krat. S tem bo dodatno spodbudil pomorsko trgovino. Sistem zapornic bo po novem drsni in bo omogočal pretakanje vode v posebej zgrajene komore. Na ta način bo 60 odstotkov sladke vode iz Gatuna ponovno uporabljene, s tem pa bo rešen tudi živelj v jezeru, ki je v sušnih obdobjih zelo ogrožen. Iz jezera danes namreč v morje ob vsakem ciklu izteče 100.000 kubičnih metrov vode.
Najvišjo pristojbino do zdaj je za prehod skozi prekop leta 2008 plačala ladja Disney Magic, in sicer 331.200 dolarjev. Najmanj pa je leta 1928 plačal avanturist Richard Halliburton, ki je prekop lahko preplaval za pičlih 38 centov.
Panamski prekop danes delo daje 10.000 ljudem, Panami pa prinese okoli milijardo dolarjev letno, kar predstavlja deset odstotkov vseh njenih javnofinančnih prihodkov. Državi je omogočil velik razcvet in se lahko ob 8,4-odstotni gospodarski rasti v lanskem letu pohvali kot eno najbolj dinamičnih gospodarstev v regiji.