Haaško tožilstvo Šešlja, ki je imel podporo oblasti v Beogradu, bremeni zaradi njegove vloge pri etničnem čiščenju nesrbskega prebivalstva na Hrvaškem in v BiH, kot tudi vojvodinskih Hrvatov, kar je vključevalo tudi umore, pregone, posilstva, trpinčenje, ropanje in uničevanje premoženja Hrvatov in Bošnjakov.
Obtožnica vsebuje devet točk, v katerih 62-letnemu Šešlju pripisujejo odgovornost za zločine proti človečnosti in kršitve ženevske konvencije v BiH in na Hrvaškem. Posebej omenja množične pokole na Ovčari pri Vukovarju in v Voćinu na Hrvaškem, kot tudi pregon Hrvatov iz vasi Hrtkovci v Vojvodini ter zločine v Zvorniku, Mostarju in Sarajevu, ki naj bi jih zagrešili Šešljevi četniki.
Tožilstvo Šešlja bremeni pregona več deset tisoč ljudi, kot posledico njegove politike so našteli več kot 900 mrtvih.
Obtožnico proti Šešlju so v Haagu vložili v začetku leta 2003, nekaj mesecev kasneje pa je Šešelj prostovoljno odšel v pripor mednarodnega sodišča. Eno izmed najdaljših sojenj v Haagu se je začelo leta 2007.
Prvotno je bila sodba napovedana za 30. oktober 2013, a so njeno objavo preložili zaradi Šešljeve zahteve po zamenjavi sodnika. Jeseni 2014 so Šešlja pogojno izpustili na prostost zaradi poslabšanja zdravstvenega stanja, potem ko je zbolel za rakom.
Šešelj je vabilo haaškega sodišča, naj se za izrek sodbe vrne v Haag, zavrnil. Haaško sodišče bo tako prvič v svoji zgodovini sodbo izreklo v odsotnosti obtoženca.