V letu 2013 naj bi za 60.000 evrov oškodoval fundacijo za šport. Zaradi pritožbe, povezane z zastaranjem kaznivih dejanj ponareditve listin, je bil narok prestavljen.

Uvodoma je tožilec Tilen Demšar danes na sodišču predstavil obtožnico. Krajncu očita, da je kot predsednik vaterpolske zveze fundaciji za šport posredoval lažne račune, s katerimi je prikazoval stroške, ki jih je fundacija povrnila. Tako naj bi Krajnc fundacijo oškodoval za skoraj 60.000 evrov.

Ob očitanem kaznivem dejanju goljufije je bil prvotno obtožen tudi 17 kaznivih dejanj ponarejanja listin, vendar so ta že zastarala.

Kranjčev zagovornik Marko Puš je dejal, da se njegov klient danes ne more opredeliti glede krivde, saj je pod obtožbo tudi dejanje, ki je že zastaralo. Sodišču je predlagal, da naj s predobravnavnim narokom počaka do odločitve višjega sodišča glede njegove pritožbe, ko bo jasno, kaj natančno je pod obtožbo.

Sodnik Vid Bele je glede tega izpostavil, da sta primer goljufije in zastarana kazniva dejanja ponarejanja listin povezani in s tem tudi opisi zanje prepleteni. Izločitev besedila za ponarejanje listin iz celotnega opisa kaznivega dejanja bi zato povzročila nejasnosti. Se je pa strinjal z zagovornikom, da s predobravnavanim narokom počakajo do odločitve višjega sodišča.

Kranjcu za kaznivo dejanje goljufije, ki zastara leta 2033, grozi od enega do osmih let zapora. V preteklosti je bil že kaznovan prav za kaznivo dejanje goljufije. Poleg tega je v Monaku, kjer ima stalno bivališče, moral plačati denarno kazen za kršitev zakona o orožju.

Milan Kranjc, takrat je najavljal celo kasnejšo kandidaturo za predsednika Olimpijskega komiteja Slovenije, je predsednik VZS postal oktobra 2010, ko je nasledil Petra Mlakarja. Finančne težave na zvezi so se v njegovem obdobju hitro stopnjevale, zato ga je kot vršilec dolžnosti maja 2013 zamenjal Marko Troppan. Da je stanje alarmantno, je bilo jasno najkasneje jeseni istega leta, ko reprezentanca ni odpotovala v Veliko Britanijo na odločilne kvalifikacije za uvrstitev na EP 2014.

Visoki dolgovi ter blokirani bančni računi v skupni višini okrog 400.000 evrov so leta 2016 pripeljali do stečaja zveze, saj predlagana prisilna poravnava ni uspela. Vaterpolski klubi so zato novembra 2016 ustanovili novo Zvezo vaterpolskih društev Slovenije, ki jo od lani vodi aktualni predsednik DZ Zoran Stevanović.