Ta je bilpred ljubljanskim okrožnim sodiščem oproščen več očitkov zlorabe položaja. Okoliščine, v katerih je tožilstvo odstopilo od pregona, so po mnenju avtorja Anžeta Voha Boštica nenavadne. Potem ko je vladna skupina leta 2007 v poročilu opozorila na več domnevnih zlorab denarja iz tajnega sklada Sove, je policija podala več kazenskih ovadb, a se je glavna obravnava na sodišču začela šele leta 2014. Kot meni portal podcrto.si se pregledu sodnega spisa v poraja dvom v delo tožilca Mateja Peterca.
Tožilec je februarja 2014 zaradi zastaranja umaknil obtožbo proti Podbregarju v zadevi njegove odobritve izplačilo 550.000 tolarjev za nakup ročne ure kot darilo uslužbencu Sove, ki se je upokojil. Policija je nekdanjega direktorja Sove bremenila tudi zlorabo položaja zaradi nakupa letalske vozovnice za indijskega zdravilca Sadananda Sardeshmukha, ki je leta 2005 prišel na obisk k takratnemu predsedniku Janezu Drnovšku. Letalsko karto je kupila Sova s sredstvi tajnega sklada. V zagovoru na sodišču je Podbregar povedal, da je Drnovškovo zdravljenje raka v tujini financirala CIA, ki je bila v skrbeh, da bi lahko alternativna zdravila ogrozila Drnovškovo zdravje. CIA naj bi naročila rekrutacijo indijskega zdravilca za obveščevalne namene. Podbregarjevo pričanje je na sodišču leta 2014 potrdil nekdanji vodja mednarodnega sodelovanja v Sovi Denis Poljak. Kot so razkrili na portalu podcrto.si, pa je bil Poljak leta 2013 obsojen zaradi izdajanja tajnih podatkov Sove. Pred izdajo sodbe je tožilstvo umaknilo obtožbe češ, da dokazi niso potrdili, da bi Podbregar storil kaznivo dejanje.
Po prepričanju policije je Podbregar položaj zlorabil tudi tako, da je nekdanjemu direktorju Sove Dragu Feršu iz tajnega sklada »na roke« izplačal 126.300 evrov za delovanje v Bosni, pri tem pa od tega zneska ni odvedel davkov in prispevkov v višini dobrih 41.000 evrov. Ferša je vlada leta 2004 na predlog urada visokega predstavnika v Bosni napotila na delo v OVSE, da bi nadziral reformo tamkajšnjih obveščevalnih služb. Ferš je leta 2012 pred preiskovalnim sodnikom povedal, da naj bi pod krinko uradnega delovanja v OVSE vohunil za Sovo in bil zato upravičen do sredstev iz tajnega sklada. Kot piše v portalu podcrto.si je tudi v tem primeru ta zagovor potrdil nekdanji vodja mednarodnega sodelovanja Denis Poljak. Tožilec je pričanju Ferša in Poljaka verjel ter marca 2013 odstopil od kazenskega pregona.
Tožilstvo je tudi zmotilo, da je Podbregar prek lažnega računa neupravičeno izplačal 1585 evrov iz tajnega sklada. Tožilstvu je pojasnil, da je v tistem času odhajal iz agencije. Kot iz sodnega spisa sklepa portal podcrto.si, so na glavni obravnavi z zaslišanjem prič ugotovili, da bi lahko šlo za račun za nakup službenega računalnika Podbregarju. Tožilstvo je tudi v tem primeru leta 2014 na glavni obravnavi umaknilo obtožbo. To je storilo tudi glede očitka, da si je Podbregar iz tajnega sklada izplačal povračilo lastnih stroškov v skupni višini 7850 evrov z obrazložitvijo, da gre za stroške, nastale s stiki s predstavniki tujih tajnih služb. Na sodišču je
je povedal, da je ta denar za operativno delovanje v resnici dobila uslužbenka Sove, ki je delala v kabinetu predsednika Janeza Drnovška. Omenjena uslužbenka Sove je v sodnem postopku povedala, da je morala biti Drnovšku stalno na voljo. Zato je v okviru svojega dela potrebovala stanovanje v Ljubljani.
Na portalu podcrto.si so že decembra lani razkrili, da se nenavadno obravnavanje zadev, v katere je vpleten Podbregar (zdaj je dekan Fakultete za organizacijske vede), nadaljuje. Gre za domnevno sporno izplačevanje več 10.000 evrov sredstev iz tajnega sklada Sove Podbregarju in njegovemu nekdanjemu namestniku na položaju direktorja Sove Boštjanu Šeficu, zdajšnjemu državnemu sekretarju na notranjem ministrstvu. Po navedbah virov portala je bil denar namenjen tajnim sodelavcem agencije, katerim bi morala Šefic in Podbregar predati ta sredstva. Ker po ugotovila poznejšega direktorja in namestnik Sove Andreja Rupnika in Darka Stareta ti tajni sodelavci v času, ko sta Podbregar in Šefic zanje dvigovala denar, niso več sodelovali z agencijo, obstaja sum, da sta ga Podbregar in Šefic zadržala zase.
Aktualni direktor Sove Zoran Klemenčič je po opozorilu odredil notranji nadzor v agenciji, a izsledkov nadzora vlada javnosti noče razkriti. Šefic in Podbregar sta za podcrto.si zanikala kakršnekoli nepravilnosti pri izplačilih iz tajnega sklada.
