V medijih so v začetku junija zaokrožile informacije, da namerava podati svoj odstop. Za STA je tedaj povedal, da politika pritiska nanj, naj odstopi, a da tega ne namerava storiti. Na položaj namreč ni bil imenovan politično, ampak na podlagi strokovnih kompetenc, je zagotovil.
Minister za zdravje Danijel Bešič Loredan pa je večkrat pojasnil, da ne uživa njegovega zaupanja, a da je morebitna razrešitev v pristojnosti sveta NIJZ.
Na menjavo Kreka na čelu direktorja NIJZ so sicer konec aprila po volitvah v DZ kazale izjave zdajšnjega premierja Roberta Goloba. V pogovoru za oddajo Tarča na Televiziji Slovenija je namreč namignil, kdo bi utegnil zasesti nekatera ključna mesta. Med drugim je dejal, da na čelu NIJZ znova vidi nekdanjega v. d. direktorja inštituta Ivana Eržena.
Ta je v kratkem odzivu za STA na vprašanje, ali bi bil znova pripravljen prevzeti to funkcijo, tedaj zapisal, da "če se bo Milan Krek odločil za odstop, je potem to ena od možnosti rešitve, vsaj začasne".
Prejšnja vlada Janeza Janše je dala soglasje h Krekovemu imenovanju 30. aprila 2020. Pred tem je inštitut kot v. d. direktorja nekaj časa vodil Eržen, ki je to mesto prevzel po vladni razrešitvi Nine Pirnat z mesta direktorice ob začetku epidemije covida-19 19. marca 2020.
Neuradno: Milan Krek je odstopil
Svet Nacionalnega inštituta za javno zdravje (NIJZ) naj bi na današnji seji po neuradnih informacijah STA obravnaval odstopno izjavo direktorja NIJZ Milana Kreka, na to mesto pa predvidoma imenoval v. d. direktorja. Krek je za STA sicer dejal, da neuradne informacije o svojem odstopu ne komentira.