Šimunić je za hrvaško reprezentanco igral od leta 2001 do 2013, reprezentančno kariero pa je končal neslavno, zaradi domnevno ustaškega pozdrava "Za dom spremni" so ga kaznovali z desetimi tekmami prepovedi, tako da ni mogel igrati na svetovnem prvenstvu leta 2014. Nato je še nekaj časa igral za zagrebški Dinamo, kjer se je tudi poslovil od nogometa in bil nekaj časa pomočnik trenerja Anteja Čačića.

V zadnjih letih se je umaknil iz javnega življenja in se posvetil družini.