Ob 200-letnici prve kapele in 100-letnici sedanje cerkve je slovenska škofovska konferenca na pobudo frančiškanov septembra 1999 soglasno sprejela sklep o razglasitvi bazilike Marije Pomagaj za narodno svetišče Slovenije. Razglasitev je bila nato opravljena 1. januarja 2000, so sporočili iz Romarskega urada Brezje.

Med slovesnim bogoslužjem so takrat škofje ordinariji treh slovenskih škofij Franc Rode, Franc Kramberger in Metod Pirih v spremstvu pomožnih škofov Jožefa Smeja, Jožefa Kvasa in Alojza Urana, stiškega opata Antona Nadraha, 50 somašnikov in številnih romarjev podpisali pergamentno listino ter z žigom Slovenske škofovske konference potrdili, da je poslej bazilika Marije Pomagaj na Brezjah slovensko Marijino narodno svetišče.

Rode je takrat v mašnem nagovoru med drugim dejal, da če je podoba Marije Pomagaj najbolj splošno priljubljena in sprejeta med Slovenci, pa ima razglasitev njene cerkve na Brezjah za narodno svetišče tudi zelo jasen državniški pomen. "Kakor ima vsaka država svoje glavno mesto, svojo kraljevsko in predsedniško palačo, svoj državni zbor, svoje vrhovno sodišče, tako ima tudi svoje narodno svetišče," je dejal Rode. Ob tem je dodal, da pa to nikakor ne zmanjšuje pomena drugih božjepotnih cerkva v Sloveniji, ki so pri srcu ljudem različnih krajev.