Razlogi za gradnjo bunkerja segajo v 50. leta prejšnjega stoletja. Leta 1948 je namreč prišlo do t. i. informbirojevskega spora med Titom in Stalinom. Ker so se jugoslovanske oblasti bale jedrskega napada, so izdale ukaz, da je treba po celotni Jugoslaviji graditi atomska zaklonišča. Največ jih je zraslo v BiH; tam je najbolj znan t. i. Tutov bunker v Konjicu, ki bi sprejel 350 ljudi in je bil narejen za zaščito jugoslovanskega političnega vrha.
V Sloveniji sta bila zgrajena dva protiatomska bunkerja, večji v Gotenici in manjši v Škrilju. V tistega v Gotenici, ki lahko sprejme do 100 oseb, bi se v primeru napada umaknil slovenski politični vrh, bunker v Škrilju, ki lahko sprejme od 25 do 30 ljudi, pa bi služil kot njegov center za zveze. V ta namen sta bunkerja med seboj tudi povezana s telekomunikacijskimi kabli.
Za potrebe izgradnje obeh zaklonišč je bil leta 1949 velik del območja Kočevske reke razglašen za strogo varovano območje. Zaradi gradnje bunkerja Škrilj so se morali ljudje vasi Škrilj, Zdihovo in Kuhlarji za stalno izseliti, kot nadomestilo pa so dobili nepremičnine v Kočevju in okolici.
Bunker so po besedah Andreje Mihelič iz Zavoda Kočevsko, ki upravlja z njim, gradili od leta 1953 do 1957. Gradilo ga je 80 delavcev iz vse Slovenije, razen z območja Kočevja. Vse je potekalo v strogi tajnosti. "Iz Ljubljane so delavce z avtobusi, ponavadi ponoči, pripeljali v Kočevsko reko, od tam pa s prevezanimi očmi do samega gradbišča. Nastanjeni so bili v delavskih barakah v okolici, domov pa so odhajali redko," je povedala.
Vsi delavci so bili varnostno preverjeni, člani Zveze komunistov in neposredno podrejeni takratnemu republiškemu ministru Ivanu Mačku Matiji, ki je bil tudi odgovoren za gradnjo. Po besedah Miheličeve so imeli višje plače in benificiran staž, o območju, kjer so delali, pa ob prihodu domov in pozneje niso smeli govoriti. Bunker je varovala JLA, pri čemer so imeli stražarji dovoljenje za streljanje brez opozorila.
Glavna telekomunikacijska soba bunkerja Škrilj.
Zdržal naj bi atomsko bombo, močno kot tisti v Hirošimi in Nagasakiju
Glavni vhod v bunker je bil dobro skrit. Danes je zaradi dozidave vhoda dobro viden, a nekdo, ki pride v bližino, ne bi pomislil, da se za objektom, ki navzven deluje kot nekakšna garaža, skriva okoli 600 metrov podzemnih hodnikov in sob. Obiskovalec najprej vstopi v t. i. kompenzacijski rov. Ta ima obliko črke U, da bi ob morebitnem napadu kompenziral udarni val jedrske eksplozije in ta ne bi pritisnil na sam glavni vhod. Slednji je sicer zavarovan z debelimi, pet ton težkimi železnimi vrati, izdelanimi v Sloveniji.
Nekaj deset metrov za glavnim vhodom je manjši prostor s tušem, namenjen dekontaminaciji oseb, ki bi bile izpostavljene jedrskemu sevanju. Nato se lahko obiskovalci sprehodijo skozi jedilnico, kuhinjo, spalnice, komandno sobo s še vedno delujočo telefonsko stacionarno zvezo z zunanjostjo in osrednjo sobo bunkerja. V njej bi lahko vezisti in kriptografi v primeru napada nadzorovali do 15 radijskih postaj in prestrezali radijske frekvence. Sledijo še servisni prostor, strojnica in zasilni izhod, ki vodi 72 metrov visoko do površja hriba, v katerega je umeščen bunker.
V primeru jedrskega napada naj bi objekt zdržal 20 kilotonsko atomsko bombo, kar je primerljivo z atomskima bombama, ki so ju med drugo svetovno vojno odvrgli na Hirošimo in Nagasaki. V njem bi lahko od 25 do 30 vezistov in kriptografov brez zunanje pomoči preživelo do 100 dni. V ta namen ima bunker lastno vodno zajetje, samostojno prezračevanje z ogrevanjem in elektriko, ki jo zagotavljata dva dizelska generatorja. Za potrebe zvez je povezan z oddajniki na Krimu in Trdinovem vrhu.
Vsi materiali, uporabljeni v bunkerju, delujejo visoko kakovostni, izdelava pa zelo natančna. Večina opreme je originalne, naprave so vzdrževane in še vedno delujoče.
Bunker obiskalo že več kot 15.000 obiskovalcev
Prezračevalni sistem v bunkerju je izdelalo podjetje Ventilator Zagreb, Maček pa je po besedah Miheličeve njegovo sestavo iz varnostnih razlogov zaupal Slovencu, ki je pozneje v objektu delal tudi kot vodja varnosti in vzdrževalec. Za "nagrado", ker je sestavil prezračevalni sistem, je moral nato vsako leto, 30 let zapored, 10 dni prebivati v bunkerju, da so preverili, ali ta deluje, vmes pa je opravljal še različna vzdrževalna dela. Ta strokovnjak, zdaj star 97 let, je bil po besedah Miheličeve eden od prvih obiskovalcev bunkerja, ko so ga leta 2017 odprli za javnost. Je tudi eden redkih, ki je delal v njem in je pripravljen o tem govoriti.
Območje, kjer stoji bunker, je danes še vedno zaprto vojaško območje. Z njim upravlja Slovenska vojska, ki ima v bližini nastanjeno tudi eno od svojih enot. Dostop na območje je obiskovalcem mogoč le ob strogih pravilih, in sicer ob predhodni najavi v Turistično-informacijskem centru Kočevska reka in v organizirani ekipi do 25 ljudi, ki jo izpred turistično-informacijskega centra v gozd odpelje avtobus.
Upravljanje bunkerja je leta 2017 za pet let prevzel Zavod Kočevko, nedavno pa je bila pogodba podaljšana še za pet let. Bunker je po besedah Miheličeve do danes obiskalo že več kot 15.000 ljudi, kar je tudi razlog, da bo v prihodnje bolj kot v vojaške služil za turistične namene.
