Prerokbe sv. Malahija je v knjigi Lignum vitae, v kateri je obravnavana zgodovina benediktinskega reda, prvi objavil benediktinski menih Arnold de Wion leta 1596. Pripisal jih je sv. Malahiju. Nekateri so 112 kratkih skrivnostnih prerokb oziroma gesel v latinščini, s katerimi naj bi sv. Malahija opisal vsakokratnega papeža, označili za ponaredek, vrh Rimokatoliške cerkve pa doslej o njih ni podal uradne razlage.
Dejstvo je, da je sv. Malahija res živel na Irskem in je bil zaslužen za temeljito duhovno prenovo Irske. Po odpovedi škofovski službi je ustanovil red kontemplativnih kanonikov ter na poti v Rim, sklenil prijateljstvo s sv. Bernardom, zaslužnim za vzpostavitev avtoritete papeža Inocenca II.. Prav k papežu Inocencu II., ki je veljal za zelo pobožnega, se je tisti čas odpravljal sv. Malahija.
Prerokbe iz vatikanskih arhivov
Po pričevanju je imel sv. Malahija v času bivanja v Rimu videnja o prihodnjih papežih, ta pa je nato zabeležil v skrivnostnih verzih. Ko se je poslednjič vračal domov iz Rima, je na poti umrl na rokah prijatelja sv. Bernarda. Ko je ta napisal življenjepis o sv. Malahiju, je v njem opisal njegove čudeže, ne pa tudi njegovih skrivnostnih rokopisov. Papež Klemen II. je Malahija razglasil za svetnika leta 1190, le 52 let po njegovi smrti, obenem je bil to prvi svetnik Irske, ki ga je papež po vseh predpisih razglasil za svetnika.
Prerokbe, hranjene v Vatikanskem arhivu, kjer so bile odkrite v času papeževega konklava leta 1590, danes znova burijo duhove, saj se končujejo z opisom papeža, imenovanega Petrus Romanus. Zanj je zapisano, da bo v zadnjem preganjanju Svete rimske Cerkve pasel ovce v mnogih stiskah in da naj bi nasledil papeža z opisom Gloria olivae (Slava oljke). Ta opis naj bi se nanašal na papeža Benedikta XVI., saj je bil rojen na velikonočno soboto, s katero se obeležuje dogodek Kristusovega križanja na Oljski gori, poleg tega si je vzel imel po Benediktu, zato ga nekateri povezujejo z redom olivetancev, redovne veje benediktincev.
Ko se bo po koncu stisk končalo papeževanje papeža z opisom Petrus romanus, bo po prerokbi sv. Malahija sledil sodni dan z uničenjem mesta na sedmerih gričih, kar pomeni Rim. Številni razlagalci ob tem trdijo, da bodo še papeži med Gloria olivae, (papežem Benediktom XVI.) in zadnjim papežem z opisom Petrus romanus, medtem ko drugi v Petrusu romanusu kažejo na papeža Frančiška. Pri tem kot argument navajajo njegovo povezanost s sv. Frančiškom Asiškim, čigar oče se je imenoval Petro Bernardone.
