Slovenski škofje so bili do ustanovitve samostojne Slovenske škofovske konference (SŠK) z drugimi škofi na območju nekdanje Jugoslavije povezani v Jugoslovansko škofovsko konferenco, znotraj katere je bila 20. junija 1983 ustanovljena Slovenska pokrajinska škofovska konferenca.
Slovenski škofje so na seji 25. julija 1992 pripravili osnutek statuta samostojne Slovenske škofovske konference. Papež Janez Pavel II. (1978-2005) je po pridobitvi pozitivnega mnenja Kongregacije za škofe in Urada za odnose z državami pri Državnem tajništvu Svetega sedeža 19. februarja 1993 v skladu z normami in določbami cerkvenega prava potrdil statut samostojne Slovenske škofovske konference, 20. februarja 1993 pa je kongregacija izdala dekret o njeni ustanovitvi.
Papež Benedikt XVI. je 7. aprila 2006 v Cerkvi na Slovenskem ustanovil tri nove škofije (v Celju, Murski Soboti in Novem mestu). Dotedanjo mariborsko škofijo je povzdignil v nadškofijo in metropolijo ter tako preoblikoval enotno cerkveno pokrajino v Sloveniji. Na novo imenovani škofje so bili maja in junija 2006 tudi umeščeni.
Škofovska konferenca je sicer zbor katoliških škofov določenega naroda ali ozemlja, v okviru katerega škofje opravljajo svoje poslanstvo v obliki pastoralne, bogoslužne, katehetske in drugih dejavnosti.
SŠK predstavlja najvišjo ustanovo Katoliške cerkve v Sloveniji. Njeno ozemlje sovpada z državnimi mejami. Po statutu so člani SŠK vsi krajevni in pomožni škofje, ki jim je v okviru lastne škofije zaupano posebno poslanstvo.
Prvi predsednik Slovenske škofovske konference je bil ljubljanski nadškof metropolit Alojzij Šuštar (1993-1997), drugi pa ljubljanski nadškof metropolit Franc Rode (1997-2004). Tretji predsednik je bil od 7. decembra 2004 dalje mariborski škof Franc Kramberger, ki je leta 2006 ob ustanovitvi nove nadškofije in metropolije postal nadškof metropolit.
Na čelu SŠK je zdaj ljubljanski nadškof metropolit Stanislav Zore, ki je nastopil mandat 23. marca 2017 za dobo petih let.