Generalni vikar Stanislav Rebec ocenjuje, da je škofija danes v dobri organizacijski kondiciji, po duhovni plati pa deli usodo z ostalimi škofijami.
Zgodovinski zapisi na škofijo v Kopru nakazujejo že v 6. stoletju. Pisma papeža Gregorja Velikega, nastala leta 599, namreč omenjajo koprskega škofa, zaradi česar predvidevajo, da je škofija nastala nekaj let prej. Na sinodi v Rimu leta 680 škofa iz Kopra ni več bilo, kar pomeni, da škofija takrat več ni obstajala.
Škofija je bila znova obujena v 12. stoletju, ko je takratni papež Aleksander III. dovolil, da mesto Koper znova dobi lastnega škofa. Leta 1828 je papež Leon XII. koprsko škofijo združil s tržaško. Nastala je tržaško-koprska škofija.
Zametek ponovne koprske škofije je nastal 21. decembra 1964, ko je Vatikan omogočil nastanek apostolske administracije za Slovensko Primorje s sedežem v Kopru. 17. oktobra 1977 je papež Pavel VI. dokončno obnovil starodavno koprsko škofijo in ji pridružil ozemlja v Sloveniji, ki so pred drugo svetovno vojno pripadala sosednjim škofijam (Gorica, Trst, Reka). Razširjeno koprsko škofijo je tudi pridružil slovenski cerkveni pokrajini. Prvi redni škof obnovljene škofije je postal Janez Jenko.
Pri določitvi ozemlja škofije je papež sledil določitvi meje med tedanjo Jugoslavijo in Italijo, ki je bila določena z osimskimi sporazumi.
Zgodovino koprske škofije je v pridigi povzel tudi Janusz. "Vaša stara justinopolitanska škofija, ki sega v 6. stoletje in ki je bila po pestri zgodovini leta 1828 pridružena tržaški škofiji, je 17. oktobra 1977 ponovno postala dobro definiran in delujoč del vesoljne Cerkve. Zahvala gre velikemu papežu in vašemu prijatelju blaženemu Pavlu VI.," je dejal.
O koprski škofiji je dejal, da ima isti temelj obstoja kot ostale slovenske škofije, kot rimska škofija in vse škofije na svetu. "Ustanovljeni živi kamen vesoljne Cerkve, ki ni zgolj administrativna stvarnost, pač pa predvsem duhovna resničnost," je orisal.
Kot je za STA ocenil generalni vikar Stanislav Rebec, je koprska škofija danes v dobri organizacijski kondiciji, na ravni vere in vernikov pa deli podobno usodo kot preostala Cerkev na Slovenskem. "Imamo približno enak odstotek nedeljnikov, otrok, ki hodijo k verouku, in podobno število podeljenih zakramentov. Od ostalih škofij pa se morda razlikujemo v tem, da v zadnjih letih nismo imeli nekih stresov, ki so jim bile izpostavljene druge škofije, kar pomeni, da lahko življenje teče urejeno," je dejal.
V zadnjih letih jim je uspelo urediti tudi škofijski arhiv, kar pomeni, da so zdaj vse stare matične knjige zbrane na enem mestu. "Tako so duhovniki rešeni skrbi, kako varovati te knjige, na boljšem pa so tudi raziskovalci, ki lahko zdaj vse podatke dobijo na enem mestu," je dejal Reberc. Tudi večjih neodprtih denacionalizacijskih zahtevkov škofija nima, je dodal.