Dragonja je bil kritik deležen predvsem zaradi svojih izjav na seji komisije DZ za nadzor javnih financ, v katerih je za argumentacijo o prenizki donosnosti kapitala v Luki Koper uporabljal zastarele podatke, medtem ko se je donosnost vmes precej izboljšala.
Za svoje izjave se je večkrat opravičil, je pa dejal, da še vedno meni, da bi bila lahko dividendna donosnost v Luki Koper višja.
Do teh izjav je prišlo v razgretem ozračju pred skupščino Luke Koper, na kateri naj bi na predlog Slovenskega državnega holdinga (SDH) zamenjali tri nadzornike, na čelu s prvo nadzornico Alenko Žnidaršič Kranjc.
SDH je sicer pod pritiski nasprotovanja vodstva in delavcev Luke Koper ter dela javnosti nato predlog umaknil, predsednik uprave SDH Marko Jazbec pa je odstopil s položaja.
A kljub temu so delavci Luke tri dni s spontanim uporom blokirali koprsko pristanišče, njihova zahteva pa je ob odstopu ministra za infrastrukturo Petra Gašperšiča še vedno tudi odhod Dragonje.
Državni sekretar, sicer pristojen za področje upravljanja državnih naložb, je v vmesnem času tako kot Jazbec opozoril tudi na nekatere po njegovih besedah sporne poslovne prakse v Luki in bil zaradi tega deležen novih kritik.